Chwasty powodują obniżkę plonów roślin uprawnych bo konkurują o te same zasoby składników pokarmowych , wody, światła co roślina uprawna, charakteryzują się szybkim początkowym wzrostem części nadziemnej i korzeni co daje przewagę nad rośliną uprawną w pobieraniu wody i składników pokarmowych, charakteryzują się dużym współczynnikiem rozmnażania i zdolnością kiełkowania w zróżnicowanych warunkach i terminach, szybkim przechodzeniem pełnego cyklu rozwojowego i samopylnością większości gatunków , co sprzyja ich rozprzestrzenianiu i zachowaniu zdolności kiełkowania przez wiele lat.

Zapobieganie zachwaszczeniu w rolnictwie ekologicznym jest ważniejsze od doraźnych metod likwidacji chwastów chociaż efekt nie następuje od razu. Najlepsze efekty można uzyskać jeżeli w gospodarstwie będą łączone różne metody walki z chwastami.

Najważniejsze i podstawowe zasady walki w rolnictwie ekologicznym to:

- właściwy płodozmian - przemienna uprawa roślin ozimych i jarych, jednorocznych i wieloletnich, głęboko i płytko korzeniących , uprawianych w zwartym łanie i szerokich rzędach, z udziałem wieloletnich roślin motylkowych (lucerna, koniczyna) lub ich mieszanek z trawami.

-uprawa międzyplonów – ścierniskowych , które przemarzają zimą np. facelia, gryka, gorczyca i wiosną wykonanie bezpośredniego siewu, lub uprawa roślin współrzędnie w międzyrzędziach np. trawy, koniczyna biała,

- prawidłowy dobór gatunków, odmian, mieszanek – wprowadzanie do uprawy odmian, które wyróżniają się szybkim kiełkowaniem , dynamiką wzrostu początkowego, dużą powierzchnią liściową, wysokością i szybkim tempem pobierania składników pokarmowych,

- właściwa jakość materiału siewnego – zapobieganie wprowadzenia do gospodarstwa razem z materiałem siewnym nowych nasion chwastów,

- prawidłowe nawożenie i jakość nawozów organicznych i naturalnych – odpowiednie dawki nawozów we właściwych terminach, staranne kompostowanie nawozów naturalnych i innych resztek, które mogą zawierać nasiona chwastów,

- stosowanie mulczowania ( ściółkowania upraw )głównie stosowane w warzywnictwie i sadownictwie – wykorzystywanie do okrycia powierzchni gleby biomasy organicznej np. słomy, trocin rozkładanych w międzyrzędziach, albo ściółek syntetycznych np. czarnej folii, włókniny

- a także ważna jest dbałość o miedze i nieużytki – w sąsiedztwie upraw nie powinny rozprzestrzeniać się wysiewające się chwasty, oraz o czystość maszyn i narzędzi- zapobieganie przemieszczaniu się nasion lub części wegetatywnych chwastów ( rozłogów, kłaczy, bulw) poprzez użytkowane maszyny,

Chociaż ograniczenie zachwaszczenia w gospodarstwie ekologicznym polega przede wszystkim na eliminowaniu przyczyn występowania chwastów, po ich wystąpieniu w uprawie można stosować następujące sposoby

-stosować odpowiednie zabiegi uprawowe ; orka - przestrzegać zasady płytkie odwracanie, głębokie spulchnianie, podorywka i uprawa przedsiewna powoduje przede wszystkim niszczenie banku nasion chwastów w glebie. w zespole uprawek pożniwnych, wykonując podorywkę ścierni i kilkakrotne bronowanie po wschodach chwastów, bronowanie wykonane w odpowiednich terminach przy pomocy brony chwastownika, np. zboża w fazie „piórkowania” (nie bronuje się zbóż w fazie ich szpilkowania), a następnie gdy posiadają nad ziemią 4 listki

- wykonywać pielenie ( mechaniczne, ręczne ) – wybór narzędzi zależy od rodzaju występujących chwastów i rośliny uprawnej, a skuteczność zależy od wilgotności gleby i temperatury powietrza,

- stosować zwłaszcza w uprawach warzyw wypalanie za pomocą płomienia powstającego w wyniku spalania propanu w specjalnych palnikach w terminie wczesnej fazy rozwoju chwastów

- stosować koszenie lub wypasanie zależy to stopnia rozwoju chwastów, ich rodzaju i uprawy w jakiej występują.

W gospodarstwach ekologicznych stosowane są też niekonwencjonalne metody walki z chwastami. Zabiegi uprawowe przeprowadza się w nocy, przy „ciemnym Księżycu ” czyli w IV kwadrze nazywanej kwadrą uprawy. Uprawa w takim terminie powoduje zmniejszenie ilości kiełkujących chwastów ze względu na brak światła. Inną metodą stosowaną w gospodarstwach jest spopielanie nasion chwastów i przygotowanie zdynamizowanego roztworu. Proces dynamizowania polega na sukcesywnym rozcieńczaniu preparatu, a następnie mieszaniu przez intensywne potrząsanie, co zwiększa efektywność otrzymanej substancji stosowanej do opryskiwania pola.

Zwalczając chwasty należy również pamiętać o ich pozytywnym znaczeniu. Chwasty chronią wierzchnią warstwę gleby przed erozją, zaskorupieniem czy wysuszeniem, rozluźniają głębsze warstwy gleby, poprawiają warunki powietrzno –wodne w glebie. Przyczyniają się do wzrostu bioróżnorodności bo są siedliskiem i źródłem pożywienia dla pożytecznych owadów, które niszczą agrofagi roślin uprawnych, a nasiona chwastów są pożywieniem dla ptaków. Niektóre chwasty posiadają właściwości lecznicze i mają zastosowanie w ziołolecznictwie i medycynie weterynaryjnej np. kwiaty jasnoty białej, korzenie chrzanu pospolitego , nasiona babki piaskowej, liście pokrzywy zwyczajnej. Chwasty mogą także znaleźć zastosowanie do sporządzania preparatów – gnojówek, wywarów , które są wykorzystywane w ochronie przeciw szkodnikom roślin uprawnych.